Hallitus
Hallitukseen kuuluu puheenjohtaja, liittosihteeri ja vähintään kahdeksan sekä enintään kolmetoista muuta varsinaista jäsentä. Jokaisella hallituksen varsinaisella jäsenellä on henkilökohtainen varajäsen. Hallitus valitsee keskuudestaan varapuheenjohtajan.
Hallituksen nykyinen puheenjohtaja on Joachim Alatalo ja varapuheenjohtaja Marko Laine.
Hallitus kokoontuu noin kerran kuukaudessa. Jokainen ammattiosasto ja sen jäsen voi tehdä hallitukselle esityksiä.

Merimies-Unionin hallitus 2024 – 2028
| Puheenjohtaja | Joachim Alatalo |
| Liittosihteeri | Heikki Karla |
Varsinaiset jäsenet | Varajäsenet |
| Marko Laine | Jan Holm |
| Roger Thomander | – |
| Turo Ihalainen | Joonas Kallio |
| Eino Leppänen | Erika Jokela |
| Tomi Kangas | – |
| Lars-Olof Åkerlund | – |
| Anne Vuorijärvi | Sami Kivi |
| Riitta Timonen | Satu Aspegren |
| Hannu Kumpulainen | Kirsi Rinne |
| Kimmo Riivari | Mikko Heikka |
| Stefan Lindh | Johanna Pulkkanen-Oksa |