Hallitukseen kuuluu puheenjohtaja, liittosihteeri ja vähintään kahdeksan (8) sekä enintään kolmetoista (13) muuta varsinaista jäsentä. Jokaisella hallituksen varsinaisella jäsenellä on henkilökohtainen varajäsen. Hallitus valitsee keskuudestaan varapuheenjohtajan.

Hallituksen tehtävä on hoitaa Merimies-Unionin asioita edustajakokouksen ja valtuuston päätösten mukaisesti. Jokainen ammattiosasto ja sen jäsen voi tehdä hallitukselle esityksiä.

Unionin hallituksen kokoonpano 2008 – 2012.