Merimies-Unionin tärkein tehtävä on jäsentensä etujen valvominen. Merimies-Unioni neuvottelee ja solmii jäseniään koskevat työehtosopimukset sekä valvoo niiden noudattamista.

Merimies-Unionin edunvalvontaosasto hoitaa jäsenten työsuhteisiin ja työehtosopimusten noudattamiseen liittyviä riita- ja tulkinta-asioita.