Merimies-Unionin tärkein tehtävä on jäsentensä etujen valvominen.Merimies-Unioni neuvottelee ja solmii jäseniään koskevat työehtosopimukset sekä valvoo niiden noudattamista.
Merimies-Unionin edunvalvontaosasto hoitaa jäsenten työsuhteisiin ja työehtosopimusten noudattamiseen liittyviä riita- ja tulkinta-asioita.
Työehtosopimus on Merimies-Unionin ja työnantajaliiton tai yksittäisen työnantajan välinen sopimus ehdoista, joita kyseisellä alalla työsopimussuhteissa noudatetaan.
Työehtosopimuksessa määritellään muun muassa palkkojen vähimmäisrajat, työajat, ylityökorvaukset, loma-ajat jne.