Sjömans-Unionens viktigaste uppgift är att bevaka sina medlemmars intresse. Sjömans-Unionen förhandlar och tecknar kollektivavtal för sina medlemmar samt bevakar att de följs.

Sjömans-Unionens intressebevakningsavdelning sköter konflikt- och tolkningsfrågor i anknytning till medlemmarnas anställning och kollektivavtal.