Vart fjärde år väljer medlemmarna i Sjömans-Unionen representanter från det egna ledet. Representanterna samlas på en kongress, som utgör förbundets högsta beslutande organ.

Representanterna utses genom en medlemsomröstning, där varje fackavdelning utgör en egen valkrets. Från varje valdistrikt utses en (1) representant per 200 röst- och valberättigade medlemmar. 2008 års valda kongress hade 45 representanter.

Kongressen drar upp riktlinjerna för förbundets verksamhet för det följande kvartalet. På kongressen beslutar man dessutom om förbundets regler och motioner från fackavdelningarna eller enskilda medlemmar.

Kongressen utser styrelse- och fullmäktigeledamöter.