Hallitus
Ammattiosaston kokous valitsee osastolle hallituksen, johon kuuluu puheenjohtaja, muut varsinaiset ja varajäsenet sekä sihteeri.
Hallitus hoitaa osaston asioita. Hallitus voi asettaa asioiden valmistelua varten työryhmiä ja valiokuntia. Ammattiosasto voi myös halutessaan palkata työntekijöitä.
Osaston puheenjohtaja
Hallituksen puheenjohtajan tehtävä on johtaa keskustelua hallituksen ja osaston kokouksissa (lukuunottamatta syys- ja kevätkokouksia). Puheenjohtaja valvoo, että osaston ja Merimies-Unionin ohjeita noudatetaan.
Sihteeri
Sihteeri pitää pöytäkirjaa hallituksen ja osaston kokouksissa (lukuunottamatta syys- ja kevätkokouksia). Sihteeri laatii yhdessä hallituksen puheenjohtajan kanssa osaston toimintakertomuksen ja hoitaa osaston kirjeenvaihtoa.