Merimies-Unionin jäsenistö valitsee keskuudestaan edustajat joka neljäs vuosi kokoontuvaan edustajakokoukseen, joka on liiton korkein päättävä elin. Edustajat valitaan jäsenäänestyksellä, jossa jokainen ammattiosasto muodostaa oman vaalipiirinsä. Kustakin vaalipiiristä valitaan yksi (1) edustaja sen kutakin alkavaa 200 ääni- ja vaalioikeutettua jäsentä kohden. Vuonna 2008 valitussa edustajakokouksessa oli 45 edustajaa.

Edustajakokous päättää liiton toiminnan suuntaviivoista seuraavaksi nelivuotiskaudeksi. Edustajakokouksessa päätetään lisäksi liiton säännöistä ja ammattiosastojen tai yksittäisten jäsenten tekemistä aloitteista.

Edustajakokous valitsee hallituksen ja valtuuston jäsenet.